Marco Antônio chegou ao Tricolor de Aço em 2016, após boas atuações na Copa São Paulo de Futebol Júnior pela Desportiva Paraense. Emprestado ao Esquadrão, rapidamente ganhou espaço no time sub-20 e fez parte da campanha do título invicto do Baianão. No mesmo ano, durante o segundo semestre, se firmou de vez como titular da equipe júnior que chegou na decisão da Copa do Brasil da categoria.

Em 2017, além de seguir atuando como sub-20, Marco Antônio recebeu duas oportunidades de jogar pelo profissional durante o Campeonato Baiano, contra Juazeirense e Fluminense de Feira.

Em 2018, comprado em definitivo pelo Esquadrão, o meia-atacante se destacou e encaixou uma grande sequência entre os titulares do elenco profissional, marcando gols importantes pela Copa do Nordeste. Também fez sua estreia em partidas de Série A.