O Departamento Médico da Divisão de Base do Esporte Clube Bahia é fundamental para que as equipes alcancem os objetivos traçados ao longo de uma temporada. Esse setor é muito importante no tratamento dos jogadores lesionados ou doentes, ajudando a prever possíveis complicações. Dessa forma, influi até na escalação dos jogos, estipulando prazos para recuperação. Contando atualmente com cinco médicos (um ortopedista pediátrico, dois cirurgiões de joelho, um pediatra e um clínico) e um técnico de enfermagem, o departamento busca a saúde do indivíduo e o alto rendimento do atleta.