Zé Roberto foi formado nas categorias de base do Coritiba, mas chamou a atenção do Cruzeiro quando disputou o campeonato paulista de 99, pelo Mirassol. Adquirido pelo time mineiro, foi campeão da Copa do Brasil de 2000, antes de ser emprestado para a Portuguesa, de onde saiu para o Benfica de Portugal. De volta ao Brasil, em 2001, jogou novamente na Portuguesa, mas no ano seguinte, foi emprestado ao Vitória-BA, clube pelo qual conquistou os títulos baianos de 2002 e 2003, além da Copa do Nordeste de 2003. Saiu da Bahia e passou um ano no futebol japonês, defendendo o Kashiwa Reysol, mas acabou voltando ao Vitória em 2005, para conquistar mais um título baiano. No mesmo ano, foi para o Botafogo, onde ficou até 2008. No alvinegro carioca foi campeão carioca de 2006. No fim de 2008, transferiu-se para o Schalke 04, mas voltou ao Brasil em 2009, para defender o Flamengo e ser campeão carioca e brasileiro. Voltou ao clube alemão em 2010, mas logo voltou ao Brasil, para defender o Vasco da Gama. Em 2011, o Internacional adquiriu seus direitos federativos e econômicos, assinando contrato até 2013. No Colorado, foi campeão gaúcho do ano passado.